浙江省委书记习近平在该省农村工作会议上提出要探索“三位一体”的新型农村合作体系。在这一精神的指引下，2006年3月17日瑞安市第十三届人大第四次全体会议通过的《政府工作报告》作出部署：建立健全农村金融、流通和科技推广体系，引导成立“三位一体”的瑞安农村合作协会，积极探索社会主义市场经济条件下的新型合作化道路。经过此前将近一年时间的政策研讨、基层试点、组织筹建以及资源整合、群众动员，瑞安农村合作协会第一次会员代表大会于2006年3月25日正式召开。
在我国长期以来，信用社、供销社和农民专业合作社、村经济合作社的改革与发展是各行其道的，各种农经、农贸、农资、农机、农技机构也各有隶属，至于政府涉农部门更是各自为政，而广大基层农民在新农村建设中的主体地位并未突出，远不能适应形势与发展的需要，有鉴于此，瑞安农协进行了大胆的探索。
瑞安农村合作协会筹备委员会主任、瑞安市副市长兼金融工作委员会主任、清华大学公共管理学院博士后陈林认为，当前提出农村新型合作化道路，具有双重含义。其一是回归，也就是回归社会主义与合作制的古典传统，遵循国际通行的合作社原则与价值观，又与现代市场经济相互兼容、相得益彰，特别是在基层培育大批真正属于农民自己的合作组织。其二是整合，也就是尽可能整合农村现有各种组织资源。建国以来，特别是改革开放以来，各级各类合作事业有所发展，但是由于部门分割、城乡分割和条块分割，仍然有待发挥更大的作用。根据国际经验以及加入世贸组织以后的要求，今后政府对农业的支持，也越来越多地要以具有相当实力、代表性和动员能力的农村合作组织为载体。
“三位一体服务三农，条块交融统筹城乡”
陈林在大会总结讲话中，充分阐释了会训即“三位一体服务三农，条块交融统筹城乡”的内涵。“三位一体”系指农民专业合作、供销合作和信用合作，乃至整个农村金融、流通和技术推广体系结为一体。“条块交融”系指专业性合作与社区性合作相互交融。在此基础上，服务三农事业，统筹城乡发展。陈林勉励广大会员，以新型合作化建设新农村，在瑞安率先全面探索中国农协模式，建成统一而又多元、全方位多层次综合性的农村合作体系，掀起新农村建设的新篇章，为全国改革积累经验，为温州模式再创辉煌。
协会章程本着尊重现有格局、预留发展空间，求同存异、先易后难、循序渐进、重点突破的原则，创造性的提出了会员分级制度和会员分类制度，会员代表名额分配的固定比例制度。所有会员分级为预备会员、联系会员、附属会员、基本会员和核心会员，均应编入不同专业类别和区域类别。第一次会员代表大会确认瑞安信用合作社联合社（农村合作银行）、瑞安供销合作社联合社、瑞安手工业合作联社（二轻联社）、瑞安农村合作经济联合社、瑞安农机作业联社（筹）、瑞安农产品经纪人协会、瑞安农村科技特派员协会（筹）和瑞安农协马屿合作联社（筹）为第一批核心会员。另有近百家农民专业合作社、农机合作社、村经济合作社成为第一批基本会员。数千农户成为第一批附属会员，联系会员预计将达到十几万户。协会的组织体制设计，既充分发挥了核心会员的优势和作用，也容纳和平衡了各级各类会员的利益和诉求，不断促进信息共享和资源整合。
协会章程还规定了会员代表、理事、监事交替改选制度，有助于维护协会发展的稳定性和开放性。在会务机关设置上，仿行三权分立的制度，确保协会运作的民主性和制衡性。这对于社团民主也是一种有益的探索。
陈林指出，瑞安农村合作协会将体制内资源与体制外资源融为一炉，并结合中国实际，对欧美农村专业性合作为主的模式与日韩农村综合性合作为主的模式进行了取长补短。这在全国范围内都是首创性质的，是一种制度意义上、植根中国本土的自主创新，同时也为农村金融的改革与发展提供了广阔平台。
借助农协平台，深化瑞安农村合作银行改制
瑞安市农村信用社作为浙江省首批改革试点单位，实施组建农村合作银行。2005年4月12日举行了浙江瑞安农村合作银行及辖12家支行、67家分理处(所)的开业仪式，正式对外挂牌开业。为了既要保存和发展合作制的因素，又要引入和扩大股份制的影响，相辅相成，探讨一种“银行+合作社”的模式，2005年6月16日，瑞安农村合作银行第一届股东代表大会第三次会议，一致通过了《关于支持筹备成立瑞安农村合作协会的决议》。
瑞安农村合作协会第一次会员代表大会的决议要求，根据《中共中央国务院关于推进社会主义新农村建设的若干意见》，巩固和发展农村信用社改革试点成果，协助完善瑞安农村合作银行的治理结构和运行机制。敦促各金融机构在保证资金安全的前提下，将一定比例的新增存款投放本地，支持农业和农村经济发展。引导和支持各级各类会员特别是农户会员发展资金互助组织、担保互助组织、保险互助组织和小额信贷组织，并与农村合作银行形成各种形式的伙伴关系。
瑞安农协将与瑞安农村合作银行共同开展“信用村”、“信用农户”的评价，支持并争取以适当方式参与农村合作医疗保险的运作，在瑞安所属的北龙、北麂两个欠发达乡镇开展小额信贷和互助联保试点工作。
瑞安农协还开展了合作银行小额股权的相对集中托管，采取“统一入会、集中持股、分散组合、互助联保”的方针，以农村信用社深化改革为契机，要为农村合作银行进一步理顺产权关系、优化治理结构和拓展营销网络创造条件，并为合作金融以及其他合作事业提供组织载体，发展全方位多层次的中介服务体系。