总的来说，“两税”合并对内资企业具有积极的意义，从目前公开的讨论中所提到的未来“两税”并轨的趋势来看，多数内资企业将从这一税制改革中获益。“两税”并轨后，内资企业目前享受的优惠，如少数民族地区的优惠政策、集团公司汇总纳税制度等，预计将会得到保留，但外资企业也可能会在享受优惠的范围之内。而且，“两税”并轨后，在某些方面，内外资企业的不公平竞争仍然存在。
汇总纳税
现行税制对内外资企业都有汇总纳税的规定，但在范围和方式上有所不同。在《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》中，规定了外商投资企业在中国境内或者境外的分支机构的生产经营所得和其他所得，由总机构汇总缴纳所得税。内资企业集团公司经过税务机关批准后，可以实行汇总纳税。目前进行汇总缴纳企业所得税的内资企业主要集中在铁路运营、民航运输、邮电通信、金融、保险、证券、电力等行业。
选择集团公司内部汇总纳税的好处在于，成员企业之间的盈利和亏损可以互相抵补，业务宣传费、业务招待费等税前列支有限额的费用，也可以在整个集团内部调剂使用，从而使整个集团的税收负担最小化。此外，在以母子公司或总分公司运作的模式下，出于集团整体管理的需要，母公司或总公司会统一进行广告宣传等活动,整个集团的广告费和业务宣传费很大部分要体现在母公司或总公司，而其本身往往侧重于管理职能，业务收入较少。如果不实行汇总纳税，这些广告费和业务宣传费则无法在税前列支，造成较重的税收负担。可见，汇总纳税不仅可以便捷纳税程序，而且可以带来现实的经济利益。因此，在两税并轨后，目前具有汇总纳税资格的企业应当积极争取保留这一资格。但如前面所述，“两税”并轨后外资企业也可能会享受这一优惠，内资企业由此会丧失这方面的独特税收优势。
流转税的附加税、费
目前，内、外资企业均须缴纳增值税、消费税、营业税这三项流转税。但在这三项流转税之外，内资企业要以其为基础，按所在地行政区域规模的大小， 缴纳1%至7%的城市建设维护税，对外资企业则不征收城市建设维护税。另外，对内资企业征收3%的教育费附加，对外资企业则暂不征收。因此，即使是两项所得税合并后，内、外资企业之间在流转税方面仍然存在不公平竞争。
过渡期
外资企业目前所享有的优惠政策会因新税法的实施而改变，但从中国税收立法的历史沿革来看，很有可能安排一个过渡期。如1991年颁布的《外商投资企业和外国企业所得税法》第二十七条规定：“本法公布前已设立的外商投资企业，依照本法规定，其所得税税率比本法施行前有所提高或者所享受的所得税减征、免征优惠待遇比本法施行前有所减少的，在批准的经营期限内，依照本法施行前法律和国务院有关规定执行；没有经营期限的，在国务院规定的期限内，依照本法施行前法律和国务院有关规定执行，具体办法由国务院规定”。从目前有关“两税”合并的研讨信息来看，这一过渡期有可能是5年，甚至更长。因此，不公平竞争会在“两税”合并后存在相当长的一段时间。
内资企业的机遇
毋庸置疑，“两税”并轨会给内资企业创造一个公平竞争的平台，从战略角度看，也可能带来以下发展机会，或者新的考虑发展的角度。
新的投资机会
如上所述，“两税”并轨后税率降低、内资企业某些费用税前扣除额提高，这些无疑会减少未来的现金流出，增加净现金流入。这种影响可能会使一些没有投资价值的项目变得可行。因此，在进行投资项目现金流量预测时，要考虑这一税收政策变化对未来现金流量的影响，从而避免错过投资机会。
调整组织构架以享受税收优惠
产业的税收优惠给企业带来的影响也不可低估。在并轨的企业所得税法实施之前，投资于一些享有税收优惠的地区和产业，一方面可以获得现存的税收优惠待遇，另一方面，在两税并轨后，即使是税收优惠的过渡期已满，仍有较大的可能享受得到新税收优惠。而这些行业和地区也往往存在着更大的发展空间。企业可以在可预见的变化发生之前，调整自身的发展战略，通过业务重组、组织构架调整等方法，将符合国家产业政策的业务剥离成一个单独实体，如调整企业的研发、制造、销售等职能，重整企业价值链，达到既能满足国家产业政策的要求，又能降低自身的税务成本的目的，从而提升企业价值，谋取竞争优势。
恰当地反映对合并“两税”的期望
两税合并的草案将经过全国人民代表大会讨论通过后，将成为一部法律。在中国的法的级次中，法律的地位仅次于宪法，高于国务院颁布的行政法规。这意味着新的税法的地位将高于目前内资企业所适用的《企业所得税暂行条例》，同时也意味着未来对这部法律的修改和补充将会履行严格的程序。而从企业的角度来看，在正式的法律出台之前，将自身对合并两税的期望和要求通过行业协会或主管部门等反映到立法部门，使立法者在立法时能够考虑到企业的实际需要，从而在新的税法中对这些要求有所反映，十分重要。
跨境税收筹划
税收筹划一直是企业降低成本，提高竞争力的重要措施。随着改革开放进程的不断加快和经济全球化，在中国政府“走出去”发展战略的支持下，中国企业境外投资将会享有越来越多的政策上的支持。随着经济全球化和分工的日益细化，跨国公司的经营活动也越来越多地在公司内部不同企业间进行。为提升自己的竞争优势，除了享受政府的支持政策，中国企业应顺应经济全球化和分工日益细化这一趋势，加强跨境税收筹划。这意味着，企业应充分利用国家之间税制的差异，和各国之间双边和多边税收协定所形成的协定网络，在全球化的背景下配置企业资源。通过选择，在一些低税率地区，或者对所得和财产有特殊优惠地区建立控股公司或分公司，将企业价值链上的各项职能在全球范围内进行分配和调整，达到整个集团税收最优的目的。