区域经济是指在一定的空间地域内由各种生产要素的有机结合而形成的经济运行方式。构成区域经济的基本要素包括：(1)以一定的经济区为依托；(2)以一定的地域分工为基础；(3)以有限资源的空间合理配置为基本内容；(4)以各种资源要素间、产业间和地域间的经济技术、市场供求为联系的基本纽带。
区域经济需要政府以市场经济机制为基础，按照要素流动和利益相关的客观要求去选择区域发展战略。同时，由于区域经济是在跨行政区划的前提下进行的，因此，更需要相关的地方政府提出和执行有利于跨省区要素流动的各项政策，甚至实行打破行政区界的经济管理机制。只有在区域内建立起政府与市场的良性互动关系，才能更合理、更有效地进行资源配置。建国以来，中国经历了从传统计划经济体制向市场经济体制的转变；与此同时，中央与地方的经济管理权限也出现了从中央集权到地方分权的多次变革。就在这种经济体制转轨、中央与地方权力博弈的背景下，中国经济发展统一大市场和区域经济的内在要求与事实上的行政区经济的强化的冲突日益突显。
随着地方自主权的扩大，地方政府作为一个权利主体的地位开始崛起，如果把市场的健康发育看成是我国区域经济的内生变量的话，那么，地方政府则是强化行政区经济的主导变量。在内生变量作用不力的情况下，政府权力便显得至关重要。
在中央放权的过程中，由于缺乏有效的约束机制和调控手段来规范地方政府行为，致使地方政府的经济权限产生了“放大效应”。地方政府的变异行为，导致了对区域经济发展的严重阻碍。
近年来，地方保护主义的行为和现象不断以公开或隐蔽的形式出现，大大加剧了建立区域市场的难度。在地区差距存在的情况下，地方政府作为投资和产业发展的主体，为“保护”自身利益通常采取一种“理性行为”——实行地方保护，保护本地市场，使本地利益最大化。
地方保护主义主要反映在地方政府对区际要素流动和商品贸易的行政性的不合理干预上，其具体表现是，在市场容量增长有限的情况下，地方政府不合理地运用行政手段、经济手段和法律手段，限制外地产品流入本地市场或限制资源商品、初级产品流出本地市场；运用经济政策倾斜、强化经济杠杆等手段，鼓励当地产品扩张市场容量，希图通过本地产品的扩张销售，最终实现本地企业利税的增长，抬高工业生产增长速度，增加地方财政收入；甚至实行全面干预，画地为牢，层层设卡，对商品流通进行“超经济强制性”封锁。这种与市场经济背道而弛的地方主义行为，加剧了市场割据，对区域经济的健康发展构成了极大障碍。
地方保护主义实际上是行政性关系在资源分配过程中占上风的结果，它缘于地方政府自主权的膨胀。在经济转轨时期，一方面，中央企图通过创造市场机制，强化市场导向的方式，给企业放权，逐步实现微观生产经营决策权从政府向企业的转移；另一方面，政府与企业之间长期以来就已存在的父子依赖关系等等，随着中央将一大批经济管理权限下放给地方政府，大大增强了地方政府对企业的支配力量。由此相应地形成了两种类型的经济关系的冲突：一是以区域为利益主体，超越行政区划界限的市场性关系；另一是以地方政府为利益主体、以行政区划为界限的行政性关系。在经济体制转轨时期，这两种关系一直处于较量和交锋中，地方保护主义正是在这一过程中，行政性关系占主导地位的产物。
鉴于在改革进程中地方政府权限的不断膨胀，已严重影响统一大市场和区域经济的形成发展，中央政府从90年代起就开始了中央权力再集中的尝试。开始时，中央政府曾经试图通过原有的计划程序与行政手段，调整和限制地方政府的权限，从而将一部分权限再集中到中央手中，另一部分权限则下放到企业手中，以达到削弱地方政府的目的。中央的作为遭到地方政府的抵触，地方政府拒绝交出已经得到的权限。1994年以后，地方政府的行为重点从市场封锁转移到反宏观调控上来。地方政府的反宏观调控行为是针对中央政府的宏观调控政策的一种“反政策”。
地方政府反宏观调控行为在实质上反映了新形势下中央与地方的博弈格局。主要表现有：上有政策下有对策；从本地狭隘利益出发对中央政府在投资与政策上进行讨价还价，曲解、变通甚至阻隔中央的宏观政策，使中央宏观政策在地区实施中受阻。如在财政上，一些地方政府随意扩大税收减免范围，放松对企业的财务监督，从而人为地造成财政收入下降；以基金等形式大搞预算外资金，使预算外资金成为地方财政收入的主要来源等。在金融上，地方政府直接干预贷款，订高社会经济发展目标，倒逼人民银行；违章进行集资；发行地方债券；乱设非金融机构；利用政策性贷款混水摸鱼；授意、允许企业挪用流动资金贷款，允许公款私有等。
在市场经济条件下，中央政府促进区域协调发展的主要途径就是宏观调控。在目前市场还不够发达的情况下，中央政府的宏观调控更是起到双重的作用：既要弥补市场缺陷，充当市场校正器的角色；又要促进市场体系的发育、完善和市场机制的健全，做区域市场的保护伞和助推器。因此，地方政府反宏观调控行为从根本上不利于区域经济的发展，它导致了地方割据，阻碍了区域内部的整合以及区域与区域之间的协调。如果说地方保护主义是地方政府在横向上对区域市场分割的话，那么，反宏观调控行为则是地方政府在纵向上对经济权限的割据，它们都具有经济与行政权力相结合的特征。地方政府的这种反宏观调控行为，缘于政策导向上的缺陷以及地方政府对自身经济利益最大化的不当追求，是地方政府和权利阶层“寻租”活动的外在化表现。
地方政府的反宏观调控行为，如果放在区域经济的背景环境下来考察的话，可以看作是在行政性关系与市场性关系的较量过程中，行政性关系的进一步强化。这表明，在市场不完善的情况下，地方政府权力的过大，会导致其行为的失范，市场经济扭曲为权力经济，从而不利于区域经济的良性发展。
实践证明，政府与市场的互补不可能自动实现，两者以什么方式耦合，在很大程度上取决于政府的存在方式与行为方式，特别是在不完全市场条件下，只有地方政府及时转换角色，它才能对区域经济的持续发展发挥起积极的促进作用。地方政府的角色创新具体表现在：
(1)地方政府应当成为区域性调控主体。由于中国各地区的资源条件、社会和经济特点都具有较大差异，各区域经济发展水平和市场发育程度极不平衡，因此，中央不可能像地方政府那样对各个地区的具体情况和特点了解得那么清楚。如果由中央实行统一调控，不仅难度大，效果差，还会降低中央调控的权威性，所以应当充分考虑到地方政府在区域层面自主调控的必要性。而在区域调控方面，地方政府也确实比中央政府更具备有利条件，不仅熟悉本区域的社会经济情况，有利于加强宏观调控的有效性，而且可以充分发挥区域优势，保持本区域经济的灵活性和多样性。因此，应当构建一个多层次的宏观调控体系，在强调中央对全国市场的宏观调控时，也有必要赋予地方政府相应的区域调控权，使地方政府调控成为介于中央宏观调控与以经济杠杆为手段所进行的间接调控之间的中间环节，统一大市场和区域经济的建设者和维护者。
(2)在向市场经济全面过渡过程中，地方政府应当成为区域内制度变革的主体。在大一统体制下，实行什么政策、怎么实行政策统统由中央说了算。分权使得各地方政府开始有机会进行种种政策试验，从而更可能出现别开生面的思路和做法，促进新制度的传播和采纳。特别在我国区域经济尚在摸索阶段时，地方政府更应积极主动地着手进行制度创新。
总之，角色创新是地方政府行为优化的首要前提。地方政府在区域经济的发展中，应当尽快转变政府观念，尽可能地减少对微观经济的行政性干预，同时有意识地培养自己成为在区域这个中观层面上的调控主体以及制度变革主体。
二
市场化的进程也是一个制度创新的过程。在未来市场竞争和区域经济发展中，制度创新将越来越发挥着极其重要的作用。地方政府若要对区域市场真正起到推动和校正作用，有赖于它积极主动地履行制度创新的职能。
1?区域市场机制的创新
根据我国目前区域市场发育迟缓的现状，地方政府所要推进的区域市场机制创新主要有：(1)通过培育区域共同市场，建立起区域内统一的竞争性市场体系，并与全国统一市场相接轨。区域市场的形成与发展应当先于全国统一市场，首先是在经济范围内建立以城市为中心、开放式、竞争型的区域市场，然后才能构成全国共同市场。因此，只有通过地方政府去实现区域内部的整合、协调区际关系，才能促进全国统一市场的发育和完善。具体说来，就是要在区域内，打破行政性垄断和地区封锁，突破不合理的经营分工界限，建立起城乡市场开通、各地区之间物流畅通的区域共同市场；并进而打破区域内外的分割，加强区域市场之间的协调，从而最终走向统一市场。(2)区域市场机制的培育最重要的是使地方政府从微观经济活动中撤离，减少对企业的不必要的行政干预，为企业走向区域市场创造条件，在区域市场内能够地实现生产要素的自由流动和资源的优化配置。(3)区域内的各个地方政府应当根据本区域的市场化进程，共同制订出有效的区域市场交易规则，完善区域市场竞争秩序制度。地方政府不仅要对市场竞争作出法律规范，还要对市场竞争可能产生的外部性问题作出法律规范，保障地方政府只能依法维持市场竞争秩序。
2?区域调控机制的创新
我国的区域经济必须由政府的有力干预和宏观调控加以规范和推动，才能在利益、规模和产业结构方面得到合理的调整，因此建立区域调控机制已成为必要的议程。
区域调控是地方政府为了克服市场缺陷而在一定限度内对市场运行进行调节和控制的职能。区域调控既要兼顾区域内部各地区之间的相对平衡，使地区差距控制在适当的范围内；又要确保资源向效率的配置和区域经济潜力。作为区域经济的调节者，地方政府主要通过立法、财政、金融等间接经济手段而不是直接的行政手段来对区域经济产生影响。在一个区域内部，各个地方政府除了具体执行中央制定的各项经济法规、各项宏观经济政策外，还应该共同研究和制定本区域经济的发展战略，编制和实施区域经济发展计划和有关的专门规划；应当有权在一定的范围内补充制定区域性的经济法规，如对中央的区域政策制定实施细则，或从本区域出发，在不违背中央宏观调控的前提下，制定在全国还没有出台的其他法规；地方政府还应当大力发展基础设施建设，调整和优化区域产业结构，积极推动跨行政区产业重组；同时，要进一步做好财政包干制向分税制的转变，避免地方政府在着手区域调控时缺乏相应的财力后盾。
3?区际横向联合机制的创新
区域间的横向联合，其根本动因在于区域间生产要素的差异以及比较优势的存在。区域经济的横向联合，有利于突破生产力要素流动的行政性障碍。在条块分割的条件下，区域内企业难以借助区域外部的生产条件，来克服资金、技术制约。而横向经济联合将企业从某部分某地区内孤立的一点变成了区域经济网络中的一个环节，从而使生产要素得以重新优化组合。因此，在市场经济条件下，从互利互惠原则出发，各地方政府应鼓励和支持本地企业和外地企业按市场原则处理相互关系，组建企业集团；废除造成地区封锁、市场分割的各种不合理的政策和规定，从税收、财政、信贷、计划、物资、外贸等方面，对促进横向经济联合的政策进一步加以完善；应制定相应的法律法规，确保合作各方的利益；巩固已有的区域经济协作组织，争取更大范围和更高层次上形成开放型区域市场；较发达地区还应当主动通过产业转移、技术转让和联合、联营、合作等形式，促进和带动不发达地区经济的发展，从而实现资源与市场的互补。同时，在横向联合管理上，各地方政府还应当加强联合项目决策的可行性研究，并督促项目的执行。
4?区际利益协调机制的创新
在横向联合中，由于各地区的地位和作用不同，难免会出现区际利益分配的不均。为减少地区间的经济摩擦，促进区域经济的健康发展，必须建立一个有效的区际利益协调机制。对关系到区域经济全局、非一个行政区划所能解决的若干重大经济问题，如能源、交通、新兴工业、江河治理等，应通过各地方政府的相互协商和对话，合理地制定相关政策，统一安排部署，以协调各方利益，从而实现区域经济整体目标。
5?政府行政的制度创新
在改革开放前，我国几乎没有什么市场，高度集权的计划经济是经济改革的逻辑起点，因此我们只能在政府的主导下创造性地培育市场经济。地方政府要想承担起区域整合和区域协调的重任，其自身行为就必须以制度的形式加以规范。特别是在经济体制转轨时期，由于地方政府的权力不合理地膨胀，往往在干预经济活动时会出现失控现象，导致非市场性缺陷，使区域经济的发展方向发生偏离。因此，在这一时期，政府行政的制度创新就显得尤为重要。地方政府在这方面创新的内容主要有：建立规范政府行政行为的机制，抑制地方政府的自我封闭性和自我膨胀性；建立政府行政权力的监督机制，防止地方政府官员的寻租行为。
总之，地方政府的制度创新，并不是要创造出超出自身范围的自主权，而是弱化行政区经济特征，促进区域经济的发展，以制度变迁的形式来达到转变政府职能的目的，从而促进地方政府行为的优化，在最大程度上实现市场与政府的良性耦合。