乡镇吃“皇粮”的人员过多直接造成“人头费”过大，农民负担过重。机构设置过多，人浮于事就无法从根本上得到解决。因此笔者以为，随着我国公共财政体系的不断完善和政府职能的调整，建议取消乡镇政权，真正给农民减负，放手农民搞活农村经济。因为有一级政府不仅要养人，更是要做事，不是仅发工资就能运转的。从历史上看，我国乡镇一级政权以前也没有过，只是上世纪90年代才没有经过充分的论证就设立的。
二、新的农业税制本身存在设计缺陷
(一)新的农业税制与农民收入悬殊的矛盾。
总体而言，这次税费改革确实使农民负担整体上有所减轻，但却忽视了农民本身负担能力的巨大差异，农民税收负担的不均衡问题依然没有解决。陆学艺和张厚义采用社会分层的分析方法，以职业为基础，参考农民的收入、使用生产资料的方式和对所使用生产资料的权力等变量，将改革开放以来的农民划分为农业劳动者群体、农民工群体、雇工群体、农民知识分子群体、个体劳动者和个体工商户群体、私营企业主群体、乡镇企业管理者群体、农村管理者群体等8个群体。这里为了方便分析，笔者将其大致归纳为纯农户、半农户、非农户三大类。农民中的纯农户由于文化水平大多较低、缺乏技术特长，本来比较贫困，加上农业产业的比较利益偏低，这部分农民的税收负担最重。半农户由于可以在农忙时务农，农闲时打工，从事第二、三产业取得一定的收入，这部分农民税收负担居中。而非农户则依靠从事工商业或其他行业，收入水平最高，这部分农民相对于其他农民，税收负担最轻。
新的农业税制规定农业税正税税率为常年产量的7%，加上不超过20%的农业税附加，农民综合负担的上限为8.4%。姑且不讨论该税制在处理农村农民和城市居民税负上的不公平，单就农民内部也有明显的不公平。众所周知，改革开放以来，我国农民内部已发生了重大分化。我国农村居民家庭人均收入的基尼系数已经由改革之初1978年的0.24上升到1996年的0.4327。从不同收入水平的农民内部来看，由于农村新税制在并税除费过程中提高了农业税税率，以农业收入为主的纯农户更容易受到提高农业税率的负面影响，而收入较高的农民则受益更大。新农业税制的不合理首先表现在税负的累退性方面。
(二)农业税征管的不规范问题没有得到解决
这次农业税费改革重点在清费立税，征管上的难题依然存在。因为全国缴纳农业税的农户绝对数量很大，但由于农村税源有限，每年收上来的税收也就区区几百亿元，占全年税收总额的比重很低，因此建立大批农税员去实现应收尽收不大可能，也不符合税收的效率原则。因此，目前我国大部分地区的农税实际上是由当地村干部和聘用人员代为收取的，这种征收方式往往又和乡干部与聘用人的经济利益挂钩，在缺乏监督和农民自我保护机制不健全的情况下，难免滋生“乱摊派”等乱收费行为。同时，保留村内公益事业“一事一议”制度，容易给部分乡村干部找到搭车收费的机会，给农民负担反弹留下隐患。