历史上，台海两岸的中国人虽有诸多矛盾，但即便在严重对峙时期，台海两岸在南海诸岛的归属上均坚持中国对其拥有主权的立场。两蒋主政台湾时期，两岸甚至在太平岛有过“默契的合作”。

1974年，南越武装侵占西沙群岛。1月19日，中央军委急调东海舰队4艘军舰赴西沙。由于台湾海峡长期被台军和美国第7舰队控制，以往解放军舰艇来往于东海与南海之间，都要绕道台湾东南的公海，以避免引发摩擦和冲突。此次因军情紧迫，解放军军舰奉令直接从台湾海峡通过。台军在蒋介石“西沙战事紧”的指示下，不仅没有开炮，还打开探照灯方便解放军舰队顺利通过。

1988年3月，大陆海军舰艇在南沙赤瓜礁海区对侵占赤瓜礁的外国海军进行反击作战，解放军曾在太平岛停留一周补充粮食饮水。当时台湾“国防部长”郑为元公开表示，“如果再发生战争，国军将助共军抗战”。1993年，台湾当局制定“南海政策纲领”，明确提出要坚定维护南海主权，“国防部”有关官员表示，“不排除与大陆合作开发与管理南沙”。

链接：岛上台军生活枯燥

从1956年到1997年，台军在岛上驻有约120人的海军陆战连队，配备M2HB重机枪、博福斯40毫米速射炮、小槲树防空导弹等武器，火力在该地区堪称第一。

台军还在岛上修建了环岛防御工事和楼房，形成一整套完善的防御体系，太平岛还是台军陆战队两栖登陆演习的重要场所。

该岛原有一小型码头，但在1977年时因台风而毁损，此后不重建，补给舰队每半年去一次，运补时改以坦克登陆舰将两栖战车送到近海，再让战车把补给品运到岛上。因为岛的面积小，岛上台军生活很枯燥，几乎每天都在保养装备与钓鱼潜水中渡过。

1997年后，台湾当局在李登辉的强力压制下，为推进与东南亚国家所谓的“实质邦交”，将这一战略要地的防务转交没有多少武器装备的“海巡署”。