科学是沿着一条与人们的直觉设想相反的方向发展的。它首先总结出的是那些远离我们的物体的规律，然后才慢慢的由远而近：首先是天体，然后是地球，再后是动植物的生命，最后的、而且仍然非常不完善的是人的思维。这种进程很容易解释，对于细节的熟悉反而会妨碍对其全貌的掌握，从天空中观察罗马大道的略图就比在地上更容易些。一个人的朋友可能比他自己更了解他的行为，在交往过程中，朋友们可以惊人地预感到他即将采取的行动是什么，但是对于他自己来说只是随机而动而已，并没感到受什么规律的支配。从个人感官获得的对细节的了解出发，并不是科学探求普遍知识的捷经。不仅简单的自然规律的发现，而且我们所知的世界渐进发展的原理的获得，也是从天文学开始的，但是不同于前者的是，后者发现，其最引人注目的应用却是与地球上生命的成长紧紧相关的。我们今天了解的进化原理，尽管始于天文学，但是它的最重要的科学价值却体现在地质学和生理学上，在哥白尼体系取得胜利之后，进化原理必须与顽固的神学偏见作比天文学更困难的斗争。
事实上，整个发展与渐进成长的理论是从牛顿才真正开始的，该理论如此年轻，对现代人来说很难想象。按照传统的观点，世界是在六天中被创造出来的，世界上现存的天体、现存的动物、植物以及在大洪水中绝迹的动物、植物，在被创造的那个时候就都是现在的样子。至于说把宇宙的发展作为一个法则，神学家们主张，应该象大多数基督徒所相信的那样，只是在人类堕落时种种灾难的一种结合的后果。上帝告诉亚当和夏娃不要吃某些树上的果子，但是他们还是吃了。结果，上帝惩罚他们和他们的后裔都不能永生，而且即使是他们最遥远的后裔，除了按计划选定的以外，死后也都要在地狱遭受永久的惩罚，在谁会被选定避免惩罚的问题上，则存在很大分歧。从亚当的罪孽开始，所有动物便开始互相杀掠，荆棘丛生，四季更替，大地临祸而不再为人类提供丰盛的品物，人们必须付出艰苦的劳动才能养活自己。一时间人类曾变得如此邪恶，以致上帝必须以大洪水淹死除了诺亚、他的三个儿子以及他们的妻子之外所有的人类。后来人类并没有从此变好，但是主还是许诺不会再来一次盖世洪水，而是限制于时而制造些火山爆发或者地震以示惩罚。
应当知道，所有这一切都是被当作实际发生的史实来对待的，它们或者直接源于圣经，或者从其中的文字导出。创世的具体日期可以从《创世纪》中的家谱中推导出来，它记载着每一个世系的族长在多大年龄时生了长子。由于某些模棱两可情况的存在，以及七十三人译本与西伯莱语版本文字的不同，对具体时间还存在某些分歧，但是基督教世界广泛承认的日期是公元前4004年，它由剑桥大学的副校长乌舍(Usher)大主教莱特福特(Lightfoot)确定，虽然莱特福特认为如果更细心的对《创世纪》进行研究可能会得到更精确的结果。按照他的说法，人类是在十月二十三日上午九点被创造的。但是这一点从来没有成为一成不变的信仰，你可以相信亚当和夏娃是在十月十六日或者十月三十日诞生的，只要你能从《创世纪》找到根据，就不会有泄渎圣灵之嫌。那一天是星期五则是毫无疑问的，因为上帝在星期六休息。
科学被指望着要接受这种创世历史的限制，而那些认为这个可见的世界只有6000年实过于短暂的人则受到强烈的攻击。虽然不能再把他们处以火刑或投进监狱，但是神学家还是千方百计对他们的生活制造不幸，想方设法阻止他们的理论的传播。
牛顿的研究成果虽然使哥白尼理论获得认同，但是它却丝毫没有动摇宗教的正统观点。牛顿自己就是一个具有很深宗教情结的人，他相信圣经文字可以启发灵感。他所理解的世界并不是一个由发展而来的世界，虽然他的讲义上并没有那样写，但是他认为非常可能世界的每一部分都是同时被创造的。他认为是上帝的手最初推动了行星，使它们有一个足够的切线速度才不至于落向太阳，只有在那之后所发生的一切才服从引力定律。虽然在他写给班特莱(Bently)的私人信件中，也曾设想太阳系可能是从一个接近均匀分布的原始物质形成的，但是他公开和正式的观点，似乎更倾向于太阳和行星一开始就被创造得象现在我们所知道的样子，并不存在一个宇宙进化过程。
从牛顿那里，在十八世纪产生了一种独特的信仰：即上帝是规律的制造者，他首先创造了世界，然后又制定了所有事物必须遵从的规律，而以后的发展上帝就不再干预了。正统的观点是，在总的规律下也容许有例外，那就是与宗教相关的奇迹。但是自然的崇拜者却不相信例外，他们认为一切都为自然规律所支配。这两种观点在教皇的《关于人》的杂文中都有涉及。关于存在例外，他在其中一段写到：
创世帝初动
通律贯苍穹
为显神灵在
亦有奇迹生
但是当正统的观点被遗忘的时候，万物就只有服从自然规律而不能有例外了，否则就会天下大乱：
自然之链受攻击
分折数段无巨细
恰逢系统在渐变
本性相同如一体
受击虽然只一节
全链崩溃风卷席
地球失控自由飞
太阳行星乱天际
御世天使被抛出
生灵沦落世界迷
天堂塌陷归原点
自然颤抖求上帝
在安妮(Anne)皇后时代，法则支配原则被接受，那是与政局的稳定以及相信革命已经结束的观念相关连的。但是当人们开始图求变化时，自然法则支配的观念对他们来说就变得不那么一成不变了。
真正有意建立一个太阳、行星以及恒星是逐渐形成的科学理论的企图始于康德，他在1755年出版了《天体理论与自然通史，─按照牛顿原理对宇宙整体力学起源及构造的研究》一书。这是一本非常卓越的著作，在某种意义上它预期了现代天文学的许多结果。它首先提出，所有肉眼可见的星体都属于一个系统，即银河系，所有这些星体大体都位于一个平面上。康德认为它们象太阳系一样，是一个整体。他以惊人的想象力推断星云是类似的、但是却无限遥远的恒星集团，这种观点现在仍然为人们所接受。
他建立的那个理论，虽然很难对其进行数学演算，但是在很大程度上却与后来的观测研究相吻合。他的理论假设星云、银河、恒星、行星以及卫星，都是由原始的弥散分布的物质浓聚而成的，浓聚的原因是弥散分布的物质中某些区域具有相对较大的密度。他相信物质世界是无限的，因而创世主也应该是无限的才和乎情理。他认为宇宙存在一种由紊乱到有序的渐进过程，这个过程由宇宙重心开始，并慢慢的由那里向遥远的外界扩展，这个过程遍布于无穷的空间而且它也需要持续无限长的时间。
这个理论的惊人之处在于，一方面它认为物质世界，即星云和星系是一个统一的整体，另一方面它又引进了一个近乎均匀分布于整个宇宙的原始物质逐渐发展的概念。这是首次有人真正试图以演化论来取代突然创生论，有趣的是这种新观点首先是以天体理论出现的，而与地球上的生命无关。
但是由于多种原因，康德的成果并没有引起太多的注意。这一方面的原因是他出书时还是一个不引人注目的年青(31岁)，另一原因是他只是一个哲学家，而不是数学家或物理学家，因此在他的假说中，缺乏动力学根据来解释为什么一个自我孤立的体系最初能够自己旋转起来。更重要的是，他的理论的某些部分只是纯粹的想象，比如他在没有任何科学证据的支持下猜测，越远离太阳的行星上的居民应该越优越，而人类正居于中间。由于这些原因，直到后来拉普拉斯(Laplace)提出了一个类似的，但是具有更多科学论证的理论之后，康德的成果才引起人们的注意。
拉普拉斯著名的星云假说在1796年第一次发表，他在《世界系统之评注》中根本没有提到康德对星云假说在很大程度上已有过论述。对于拉普拉斯，正如他在注释中写的，那仅仅是一个“存在疑虑、由缺乏观察与计算佐证的东西引发”的假说，但是现在加以改进后，却统治了整整一个世纪。他认为，现在太阳系中的太阳和行星起源于单一的弥散的星云，渐渐地开始聚集并加快旋转，离心力导致巨块飞离中心而形成行星，同样的过程重复而形成了行星的卫星。作为生活在法国大革命时代的自由思想家，他完全抛弃了造物论。拿破伦认为对天堂君主的信仰将鼓励对地上君主的尊敬，当他看到拉普拉斯《天体力学》的巨著中并未涉及到上帝时曾经发问，这个天文学家回答：“陛下，我不需要那个假设。”神学界对此当然感到头疼，但是它对拉普拉斯的厌恶被它对无神论和革命的法兰西的普遍对神不敬的恐怖所淹没。结果它与天文学家们的战斗大多轻描淡写而过。
地质学中科学观念的发展，走了与天文学相反的方向。在天文学中，是渐进发展的理论取代了天体恒定不变的信条，但是在地质学中，却是科学的缓慢发展理论，取代了灾变说。灾变说相信地球曾经有过一段剧烈变化时期。一开始人们曾相信地球的全部历史必须压缩到大约6000年的时间里。为了能够解释沉积岩以及沉淀的熔岩是在这么短的期间形成的，人们必须假设以前一段时间灾难曾频繁发生。从对牛顿时代地质学状况的考察，我们知道地质科学的发展远远落后于天文学的发展。比如在1695年，伍德瓦德(Woodward)还曾这样解释沉积岩的生成：“整个大陆都被变成碎块并溶化在洪水中，地壳则是由洪水过后杂乱无章的泥流沉淀而成。”据莱尔(Lyell)讲，伍德瓦德曾作过这样的讲述：“整个地壳的化石层是在几个月内积存而成的。”在那之前十四年的1681年，后来成为卡尔特修道院院长的汤姆斯(Thomas Burnet)牧师出版了他的《地球圣论；包括对原始地球及其整体变化的描述，这种变化包括已经发生和即将发生直至圆满的所有变化》。他相信赤道原本在黄道的平面上，只是在洪水之后才被推到现在的偏斜位置。(神学上更正确的观点是密尔顿(Milton)的观点，他认为这种倾斜是在亚当和夏娃堕落的时候开始的。)他认为是太阳的热量把? 厍蛏沽押螅?叵滤?绶⒍?瞿鸪傻拇蠛樗?Ｋ?岢值诙?龌炻移谑墙?肭?材曛?蟆Ｓ捎谒?⒉幌嘈庞杏谰玫牡赜?头＃?虼私邮芩?墓鄣闶庇Ω贸稚笊魈?龋??灰?阉?背烧?车纳裱Ч鄣恪８?钊司?娴氖牵??衔?赜谘堑焙拖耐薜亩槁涞墓适轮皇且桓鲈⒀裕?虼耍??纭洞蟛涣械甙倏迫?椤匪?担?肮?醣黄瘸废?怂??跻槭禄嵋榻袒嵛氖橹?啊！被鬯苟?Whiston)后来避免了莱尔关于赤道和其它一些错误，他在1696年出版了一本书，题为《地球的新理论；圣经中主张的六天创世、世界大洪水以及普遍大灾难是与理性和哲学完全以致的》。1680年那颗慧星使他想到可能是慧星造成了大洪水，这在一定程度上启发了他写这本书的灵感。由于他认为上帝创造世界的六天要比通常的六天长，他的正统地位也曾经受到质疑。
不要以为伍德瓦德、伯奈特和慧斯顿在当时不是出色的神学家。恰恰相反，他们是当时最好的神学家，至少洛克(Locke)就非常推崇慧斯顿。
十八世纪的大部分时间都充满了两个学派的争论，一个是把一切都归于水的水成论派，另一个是同样过分看重火山与地震的火成论派。前者不断的收集大洪水的证据，他们特别重视在高海拔的山上发现的海底化石。他们是最正统的，因此正统派的敌手们就千方百计的否认化石是动物的遗体。沃泰尔(Voltaire)就对化石是动物的遗体持有深深的怀疑态度，当他对事实无法否认时，就转而坚持说那是被人们带到山上去的。在这一点上，对教条持灵活态度的非正统派反而比正统派更不科学。
伟大的博物学家巴封(Buffon)在他的1749年出版的《自然史》一书中提出十四个命题，它们都被巴黎大学神学院的神学教师们宣判为“对抗教会的教规、应该受到谴责的。”东西。其中关于地质的一条断言：“地球上现存的山脉与峡谷是由次级因素造成的，随着时间的发展，同样的因素还将毁坏所有大陆、山丘与峡谷，并重新再造。”这里“次级因素”是指上帝创世法则之外的所有因素。而在当时正统派的观点是，所有的山丘和峡谷、海洋和土地的分布在世界被创造时就是我们现在看到的样子，唯一的例外就是死海，它是由奇迹制造的。
巴封无力与巴黎大学神学院争论，被迫宣布放弃他的理论，并被责成发表了如下声明：“我宣布无意对抗圣经，我坚定地相信创世说所说的一切，包括时间顺序和所有事实；我放弃我书中一切关于地球形成以及任何可能与摩西的告诫相冲突的内容。”显然，与加利略对抗的教训并没有使神学家们在天文学之外的领域里变得聪明起来。
第一个阐述现代科学地质学的是哈顿(Hutton)，他的《地球理论》在1788年首次出版，并且在1795年再版了增编本。他假定造成地球表面过去变化的因素现在仍然在起作用，而且没有理由认为这种变化在过去要比现在更活跃。虽然这个假定看起来象是一个原理，但是哈顿在某些方面超出了它的应用范围，在某些方面又对它阐述得不够。他认为沉积岩沉积海底造成的海水对大陆的侵蚀是造成大陆消失的原因，而新大陆的形成则是由于突发灾难的结果，他没有足够考虑陆地突然沉降和慢慢升起在大陆变迁中的作用。但是所有在他之后的地质科学家都认同他的基本方法，那就是用现在还在发生作用的地质变迁的现象去解释过去曾经发生的事情，他们认为在漫长地质年代中产生的巨大变迁的原因，就是现在仍然在缓慢导致海岸线移动、高山起伏而动以及海底升降不停的同一种力量。
与摩西年表的冲突使这个观点在其早期难以为人们接受，对《创世纪》坚信不移的信徒们更对哈顿和他的追随者普雷费尔(Playfair)进行了猛烈的攻击。莱尔(Lyell)在他的《地质原理》中说：“一小撮人对哈顿派原理的激情，以及在争吵中表现的对正义与崇高精神的漠视，并不是哈顿理论的功劳，只是当时英国大众那种普遍的狂热激情的一种反映而已。多年来法国的一批作家们就通过协作性的努力，通过削弱基督教信仰的根基，来削弱教会的影响。他们的成功以及大革命的成果，引起了意志坚定的人们的警觉，但是对于那些胆小的人们，革新带来的恐惧则象梦魂一样萤绕着他们。”直到1795年，英国的富有者都一直把非圣经的原理看作是对财富的侵犯，甚至是把他们拉上断头台的威胁力量。许多年中，英国人的主张还不如大革命之前自由。
由于地质化石资料表明了大量的生物已经消失，所以地质学的进一步发展就与生物学混在一起。如果仅仅考虑世界存在的久远性，通过把“六天”解释成“六个时代”，地质学和神学便可以达成某种共识。但是对动物的生命这样的问题，神学发现它的一贯立场却很难容入科学的框架。在人类堕落之前，动物之间不应该存在互相残杀，所以现存物种都是方舟中保存下来的，除了极少数外，灭绝的物种都是在大洪水中淹死的(这种主张也有它的困境。圣奥古斯丁就因为他自己不知道上帝制造苍蝇的原因而向上帝忏悔。路德则这几乎强词夺理地大胆断言，苍蝇是魔鬼制造的，其目的是为了干扰他撰写有益的论著)。物种是永恒不变的，每一物种都是创世时分别创生的。对这种主张的任何疑义都会招致神学家们的敌意。
神学的困境始于新大陆的发现。美洲远离阿拉拉特山(Mount Ararat)，在那里存在的许多动物却不能在它与阿拉拉特山的中间地带找到。那些动物怎么样才能迁徙如此之远，而又没有在路上留下任何它们的同类？有些人认为是远航者把它们带去的，但是这种假设也有它的困境，虔诚的耶稣会信徒约瑟夫阿考斯塔(JosephAcosts)就为之深深困扰，他献身于将印第安人转化成基督徒，但是他自己的信仰却发生了动摇。在他的《印度群岛自然精神史》一书中不无道理的说：“谁能设想一个远航者会不怕困难，把狐狸带到秘鲁，特别是那种叫做‘艾狎斯’的、我所见过的最肮脏的那种？同样地，谁能解释他们携带了老虎和狮子？这种想法简直可笑之至。很难设想一个被迫出航的远航者，在自己的生命都时时被风暴所威胁时，会带着狼和狐狸到海上并对其奚心照料与饲养。”这类问题导致神学家们做出新的解释：这种肮脏的艾狎斯狐狸和其它笨拙的野兽，是偶然由太阳用淤泥制造的。不幸的是并没有证据显示这和方舟有关。但是即使你接受他们这种说法，也无法解释许多现象。比如说那些运动迟缓、懒慢的南美树赖，是如何从阿拉拉山达到遥远的南美洲的？
随着动物学的进展，众多的种类逐渐被发现，这就引出了另一个麻烦。现在所知的动物多达数百万种，如果每种都有两个放在方舟上，其拥挤程度将不堪设想。还有，是亚当给所有的动物起的名字，在他的生命之初那似乎是一个过于庞大的任务。澳大利亚的发现又带来了新的困扰。为什么所有的袋鼠，一只不留的都跃过了淘瑞斯海峡？按照那时的生物学的进展，太阳从污泥中制造第一对袋鼠的说法是难以立足的，因此就有了一种对全新理论的强烈需要。
在整个十九世纪，所有这些难题引发了宗教信仰者的思维。比如由《上帝存在之必要》等书的作者、苏格兰神学家威廉基勒斯徘(William Gillespie)所着的《 地质学的神学，一如休米勒(Hugh Miller)等人所例证》一书就是一个例子，这本书在1859年，亦即达尔文的《物种起源》问世的同一年出版。它谈到“地质学家的引起恐慌的假说，”并谴责他们“善于莽撞攻击而怯于深刻思考。”作者考虑的主要是休米勒在《岩石的证据》中提出的问题，休米勒在那本书中坚称：“在人类获罪、受惩罚之前那段没记载的年代中，动物在创造之初就处在与现在完全相同的互相杀戮的状态。”休米勒还生动、不无恐怖地描述了在人类存在之前，那些已经灭绝的动物互相杀戮、残害时所使用的工具。具有深深的宗教信仰的他，很难理解为什么造世主要把这种痛苦加在这些无辜的生灵身上。尽管面对这些证据，基勒斯徘还是大胆地重新确认了正统的观点：低级动物遭难与死亡是由人类的罪恶造成的，他还引用圣经中“人带来了死亡，”一句话，来证明在亚当吃苹果之前动物是不死的。在引用了休米勒描述灭绝动物互相残杀的文字后他惊呼，仁慈的造世主不可能创造那样的怪物。到此为止，我们可以同意他的观点，但是他的进一步论点就难以理解了。他似乎在试图否认地质学的证据，但是最后他失败了，他承认大概存在这样一种怪物，但是它们不是上帝直接创造的。它们一开始是无辜的动物，只是后来被魔鬼引入歧途；或者象猛猡猪一样，它们的灵魂被恶魔占据了。这样就可以解释为什么圣经中记载了关于猛猡猪的故事，猛猡猪是许多东西的绊脚石。
埃德蒙古斯(Edmund Gusse)的父亲、自然学家古斯曾做过一个奇怪的尝试，以图保留正统教义在生物学中的地位。他全盘接受地质学家的关于世界具有漫长历史的论证，但是坚持造物主在创造这个世界时，就把它创造得“似乎”已经具有漫长的历史。在逻辑上没有办法“证明”这个理论是错误的。神学家们断定，亚当和夏娃生有肚脐，使他们看起来就象正常出生的人一样。岩石也被填充了化石，使它们看起来就象是由火山活动和沉积造成的一样。但是如果这种假设是成立的，创世的时间就可以定在任何一点。我们可能都是在五分钟之前才存在的，只要赋予我们以造好的记忆、穿上有窟窿的袜子并且长着需要理的头发就行了。因此尽管这在逻辑上是可能的，但是却不会有人相信它。古斯痛苦的发现，尽管他的假设在逻辑无懈可击，但是却没有人接受这种对神学与科学数据调和的理论。神学家们根本不理睬他。神学家采取的做法是通过放弃许多原本属于他们的领地，来确保他们仍然拥有的领地牢不可破。
动植物通过遗传和变异而逐渐进化的原理，在很大程度上是借地质学而发展起来的，它可分成三个部份。第一，事实非常确切地表明，越简单的生命形成的时间就越早，而结构越复杂的生命登上生命舞台的时间就越晚。第二，后期的、具有高级组织结构的生命并不是同时出现的，而是由早期的低级形式通过一系列的改进而形成的，这就是生物学中通常所说的“进化”理论。第三就是对进化机制的研究，亦即研究变异的原因，以及为什么某种生命的幸存要以其它生命的消亡为代价，这种研究还非常不完善。尽管对它的机制还存在着怀疑，进化论的普遍原理已经被生物学家们广泛接受。达尔文的主要历史贡献在于他提出了一种进化机制，即自然选择，是它使进化论更可信。尽管他的假设仍然被认为是对的，但是现代科学家们已经不象当时的人们那样对它那么满意了。
第一个对进化论做出杰出贡献的生物学家是拉马克(Lamarck)，但是他的原理并没有获得认同。这一方面是由于物种不可改变的偏见对他的排斥，另一方面是他所提出的变化机制是科学家所不能接受的。他相信动物身体中新的器官的形成的原因，是由于它感受到了新的需求；他还相信个体后天获得的功能也会遗传给它的后代。离开第二个假设，他的第一个假设对解释进化是毫无用处的。达尔文抛弃了他的第一个假设，但是却接受了他的第二个假设，但是它在达尔文体系中的地位远远没有在拉马克体系中重要。第二个假设，亦即个体所后天获得的特性可以遗传的假设，被魏斯曼(Weissmann)断然否定，尽管对此仍存争论，但是证据显示，除极个别的情况外，唯一可遗传的个体后天特性是生殖细胞的改变，而那是极少发生的。所以拉马克的进化机制是不能被接受的。
在1830年首次出版的莱尔的《地质学原理》一书，用地质学证据充分肯定了地球和生命在很久以前就已经存在，因此受到正统宗教的强烈攻击，但是在它的早期版本中并不倾向于有机进化的假说。莱尔在书中认真地讨论了拉马克的理论，并以科学的观点将其否定。在达尔文的《物种起源》(1859年)发表以后的出版的版本中，莱尔谨慎的倾向于进化理论。
达尔文的理论基本上是自由经济世界中，马尔萨斯人口论在动植物研究上的一个推展。尽管所有的生物都繁殖得非常迅速，但是大部分在达到生殖年龄之前就死掉了。一条雌性鳕鱼一年可产九百万只卵，如果所有的卵都能成活并进一步产卵，几年之内海洋就会被鳕鱼填满，而大陆也会被洪水吞没。除了大象之外，人类是自然增长速度最慢的动物，即使这样世界人口也在大约二十五年内就增加一倍。如果人类依此速度增长，两个世纪后，世界的人口将达到五千亿之多。但是我们发现，作为一种规律，事实上动植物的总量几乎是不变的；在多数时间内，人口总数也变化不大。因此，无论是在同一物种之内还是在不同物种之间，都存在一种恒定的竞争，而这种竞争中的失败者将会死亡。由此而来，如果一个物种中的某些成员在某些方面强于其它成员，它们就更有可能生存下来。如果这种优势是后天获得的，便不会直接传给它们的后代，但是如果是先天的，就可能、至少部分的传给它们的后裔。拉马克认为，长颈鹿的脖子就是它们伸长了去吃高枝上的叶子而形成的，并且这种后天的特征可以遗传下去；与此相反，达尔文派的观点，至少在经过魏斯曼改造后的观点是：出生时脖子就较长的长颈鹿比较不容易挨饿，因此更容易活下来并繁殖后代，它们的后代也可能会有较长的、甚至比父母还长的脖子。如此下去，长颈鹿就会逐渐发展出它们固有的特征，直到形成最适宜生存的脖子长度为止。
偶然变化在达尔文的进化论中起着主导作用，但是究竟是什么原因造成的这些变化，达尔文自己也坦诚他不知道。观察表明，即使同一父母的后裔也不一定就很相象。驯养动物的特性已经被通过人为选择而大大改变：人工驯养的奶牛产奶量高，驯服的赛马跑得快，放牧的羊也能产出较多的毛。这种事实充分表明了选择在进化中的作用，它们为达尔文理论提供了最直接的证据。不错，饲养员不能把鱼变成袋鼠，也不能把袋鼠变成猴子，但是经过极其漫长的岁月，诸如此类的巨大变化却是可以发生的。许多证据表明，动植物来自共同的祖先。化石资料显示，现存许多非常不同的物种之间的过渡种类在过去曾经存在过，比如已经绝迹的飞龙类动物，就介于鸟类和爬行类动物之间。胚胎学家还发现，胎胚在生长过程中，重复着早期的进化过程，哺乳类的胎儿在其发育的某一阶段具有发育不全的鳃，而这个发育不全的鳃并没有任何功用，因此只能解释为返祖现象。从不同侧面论证的结果，使生物学家相信，是进化和自然选择带来了物种的变化。
达尔文主义和哥白尼主义一样，都严重地冲击了神学。这不仅因为它否定了《创世纪》不同物种是由上帝分别创造、并且不可改变的断言；不仅仅因为它说明了生命的起源需要一个相当漫长的时间，而使正统教派震惊；也不仅仅因为它阐述了动物和自然的和谐关系只是自然选择的结果，而不是天意的恩赐；比上述种种更为难以容忍的是，进化论者竟试图证明低等动物是人类的祖先。神学家和没有受到教育的人们正是抓住这一点不放。“达尔文说人是从猴子变来的！”这使世界惊恐万状。一种流行的说法是，达尔文所以相信这一点，是因为他自己长得象猴子(他当然不象)。在我小时候，我的一个家庭教师就曾经非常庄重地告诉我：“如果你是一个达尔文主义者，我会感到你非常可怜，因为你不可能即是一个达尔文主义者而又是一个基督徒。”即使现在，在田纳西洲讲授进化论也还是非法的，因为它被认为是与上帝的言辞不相容的。
当这个新原理刚刚出现时，许多信仰宗教的人们，在证据面前不得不对它表示信服，同时也希望自己的宗教信仰能得以保留，但是神学家们则很快预感到了它将带来的严重后果。缺乏逻辑知识的人们，尤其是在十九世纪时，在接受一种改变时，往往不去设想那种改变可能引发的其它变化，在这种环境中，进化论当然就比较容易被人们接受。当一种革新可能带来的所有结果，都按逻辑同时呈现在人们的面前时，那种对于习惯的巨大冲击，往往使人们容易把它全盘否认。但是，如果你把革新的后果一个一个的相隔一、二十年呈现给人们时，他们就会被引诱着跟随你前进，而没有太多的抵制。尽管十九世纪的文化与政治的伟人们，在时机明显成熟时，也希望能够引发变革，但是他们往往不是去进行革命性的突变。革新者的这种审慎而有效的态度，反而使十九世纪成为一个发展迅速的世纪。
神学家们比普通大众更清楚地看到了进化论将会带来的后果。他们指出，人类具有不朽的灵魂而猴子则没有；基督是为了人类而不是为了猴子而死的；人类具有上天赋予的是非观念，而猴子则是完全受本能支配的。如果人类是通过难以察觉的步骤缓慢地由猴子变来的，那么在什么时候他们突然具有了那些重要的神学特征呢？1860年(达尔文《物种起源》发表的第二年)，在全英协会上，威尔博福斯(Welberforce)对达尔文主义恐吓说：“自然选择原则和上帝的言辞格格不入。”可惜他的雄辨却徒劳无功，人们相信支持达尔文的胡克斯莱(Huxley)驳倒了他的论证。彻切斯特(Chichester)神学院院长在牛津大学的一次布道会上说：“尽管圣经中明确记载，人类的第一个父母是被上帝创造的，但是有些人却枉顾事实，试图用异想天开的现代进化论取而代之，这种论点毁坏了拯救人类的通盘计划”。坚持对背离正统信条的言行决不宽容的卡莱勒(Carlyle)更攻击达尔文是一个“崇拜下流的使徒。”但是人们却不再害怕教会的不快，动植物种类的进化原理不久就为生物学家所接受。
在十九世纪，尽管自由派的领袖们自己也极力避免过分的自由，但是当时的时代却是一个自由的时代。葛莱斯彤(Gladstone)对进化论的态度就是当时非科学界的世俗基督徒的普遍态度。在1864年，两个不相信存在永久的地狱惩罚的神职人员被英国枢密院法律委员会宣判无罪后，葛莱斯彤曾经惊恐地说，如果这个判决的原则被接受，那就意味着“基督教的信仰和它的反对者可以并存。”当达尔文的理论第一次发表时，他以一种对传统的上帝统治论同情的口吻置疑进化论：“按照进化论的说法，世界并不是上帝创造的；而有了不可改变的自然法则，则世界也不需要上帝的统治了。”不过他后来渐渐地修正了他的立场，他对达尔文也没有个人恩怨，在1877年他还亲自拜访了达尔文。整个拜访中他所谈论的只是对保加利亚人暴行的不安，而不是进化论。在他走后，达尔文曾经真诚地说：“这样一个伟大的人物竟特意来看我，这是怎样一种荣耀啊！”至于葛莱斯彤对达尔文的印象如何，历史上并没有记载。
现今的宗教已经接纳了进化论的原理，并且还从中引伸出了新的论断。它告诉我们“一个与日俱增的意志贯穿了所有的时代，”进化论就是上帝心中始终存在的一种计划的体现。似乎在那个令休米勒担忧的野蛮时代，当野兽以其凌牙利角互相残杀时，上帝却在静静地等待着人类，那个更残忍、更能制造痛苦的生灵的最终出现。为什么造物主偏要通过逐步发展，而不是更直接的手段去达到他的目的？现代的神学家们并没有回答这个问题。难道整个过程的最终结果真的会那么圆满、辉煌吗？神学家们也没有办法消除我们深存的疑虑。象一个刚刚学会认字母的小孩一样，我们也难免心存疑虑，为了那点微乎其微的结果，真的值得付出如此巨大的代价吗？当然，不同的人会有不同的看法。
人们对于以进化论为基础的神学持怀疑态度，还有另外一个，也是更重要的原因。在十九世纪的六十和七十年代，当进化论的原理刚刚风行时，进步被作为一个普遍的规律而接受。难道我们不是在一年比一年富有？尽管税率在不断降低，我们不是照样享有预算的出超？我们的机器难道不可以堪称奇迹？我们的议会制政府难道不是那些启蒙的外国人争相效法的典范？谁会怀疑这种进步将无限延伸下去？人们有种种理由相信，那个促成这种进步的科学与机械，将会继续产生更加丰盛的果实。在当时的世界，进步似乎是生活的一种普遍现象。
但是即使在当时，对于沉于思考者，与进步相对立的力量也是显而易见的。那些导致增长的规律也同样会导致衰退。总有一天，太阳会冷却下来，而地球上的生命也会消亡。动植物的时代不过是过热与过冷两个纪元交替中的一段插曲。并没有一个所谓的宇宙进步的法则，相反，由于能量的不断扩散，整个宇宙只有一个在平衡点上下振荡并缓慢下降趋势。从现在的科学观点看，这是最有可能的趋势，而对于我们这个幻想破灭的一代，这也是最容易被接受的。就我们现在所知，从进化论出发不可能产生一个对宇宙的终极持乐观态度的哲学。